Обычно такой протокол составляется в форме таблицы, содержащей несогласованные сторонами пункты договора и редакции этих пунктов, предложенные как одной, так и другой стороной. Подписание протокола разногласий не свидетельствует о согласовании условий договора, если в этом протоколе не содержится вывода о том, в какой же редакции условия приняты сторонами. Протокол разногласий призван служить основой для дальнейших переговоров о заключении договора. В случае достижения сторонами согласия по спорным условиям составляется другой документ – протокол согласования разногласий. Помимо сведений, содержащихся в протоколе разногласий, данный документ определяет или новую, согласованную редакцию спорных пунктов договора, или указание на то, что спорные пункты договора приняты в редакции той или иной стороны.

После подписания протокола согласования разногласий стороны могут либо составить новую редакцию заключаемого договора, включив в него согласованные сторонами пункты, либо заключить дополнительное соглашение к договору. Подписанный протокол согласования разногласий может быть приравнен к дополнительному соглашению, изменяющему некоторые условия договора.

Источник - http://www.kadis.ru/jurcenter/qa.phtml?id=37